Rzecznik Janusz Kochanowski wystosował w tej sprawie pismo do ministrów: środowiska oraz spraw wewnętrznych i administracji. RPO podkreśla, że w ocenie Fundacji decyzje te miały \"charakter dyskryminacyjny\".
RPO zaznacza, że \"wszyscy są wobec prawa równi i mają prawo do równego traktowania przez władze publiczne oraz, że nikt nie może być dyskryminowany w życiu politycznym, społecznym lub gospodarczym z jakiejkolwiek przyczyny\". Dlatego zwraca się o uzasadnienie podjętych decyzji, a w piśmie do ministra środowiska także o informację \"czy zgłoszony przez Fundację projekt spełniał ustalone kryteria uzyskania dofinansowania\".
W grudniu 2008 r. minister spraw wewnętrznych i administracji Grzegorz Schetyna nie udzielił pozwolenia na publiczną zbiórkę pieniędzy na badania geotermalne prowadzone przez Fundację. Resort podał, że zakwestionował fakt, że we wniosku, który złożyli 12 września współpracownicy o. Tadeusza Rydzyka, wskazano kilka alternatywnych celów zbiórki publicznej. Ministerstwo podało m.in., że zebrane pieniądze mogłyby zostać przeznaczone na prowadzenie przez Fundację Lux Veritatis działalności gospodarczej.
Ministerstwo zakwestionowało też pomysł, by osoby przeprowadzające zbiórkę pobierały za kwestowanie wynagrodzenie. Wniosek o kwestę złożono po tym, jak Narodowy Fundusz Ochrony Środowiska wypowiedział o. Rydzykowi umowę na dofinansowanie kwotą 27 mln zł poszukiwania wód termalnych. Umowę z 2007 roku, Fundusz wypowiedział w maju 2008. Argumentowano, że fundacja m.in. nie realizuje przedsięwzięcia zgodnie z harmonogramem, nie udostępniała dokumentów i nie udzielała wyjaśnień.
W połowie listopada \"Puls Biznesu\" napisał, że Fundacja Lux Veritatis zaczynała z kapitałem 10 tys. zł, a na koniec 2007 r. jej aktywa sięgały 30,6 mln zł. Przychody fundacji - według publikacji - w 1999 r. wynosiły 215 tys. zł, w 2003 r. wzrosły do rekordowych 8,1 mln zł, a zeszłym roku spadły do 3,5 mln zł.
